シンジは幼い頃大病を患い死に掛ける
ゲンドウ、ユイは生体工学などの世界的な権威だった
彼らはシンジの身体を作り変え、強靭にすることで命を繋ぐことを計画、実行する
かくしてシンジは吸血鬼のように血液を摂取する必要があるが、頑健な肉体と能力を得る
しかしこれに目をつけたゼーレは二人の家を襲撃する。シンジ十歳の時
ゲンドウたちはシンジを逃がし捕まる
シンジはいつか二人を取り戻すことを決意し、脱出。以後世界中を飛び回る
その間、ゲンドウはユイを人質にとられ研究を遂行
同時に他の勢力への牽制としての組織「NERV」総司令に着く
他の勢力とは他の研究機関により開発されたシンジと同様の吸血鬼、狼男などの存在である
実行部隊隊長には幼い頃父を暴走した吸血鬼に殺され、復讐を続ける葛城ミサト
彼女を止めようとしつつも協力する加持リョウジ
シンジはゲンドウがNERV総司令にある事に驚きながらも、父を信頼する
ゲンドウはゼーレの命令を遂行する一方で、ユイを救出するための準備を進める
倉上その他はああいう“ツクリモノ”の存在が気に入らないため、密かにゲンドウと協力する
迂闊に手を出せないのはゼーレはクローン技術により自分の代わりの自分を持っているから
対抗するためにはそのパイプラインを同時に、完全に断つ必要がある

ゲンドウは十歳の頃から親も無く傭兵として育った
幾多の戦場を駆け抜け、いつしか“シャドウ・レッド”とまで呼ばれる世界指折りの傭兵になった
だが戦場で生きるうちに、人の生き死にに関わり、その稼業を捨て医学の道に入る
この経歴があるため、ゲンドウは司令として前線に立つことは無いがいざと言う時は加持にも匹敵する能力を見せる
しかも傭兵時代に必要に迫られ経済・話術その他の技能も身に付けている
さらには彼自身も、隠しているが既に吸血鬼化している

L.C.L.弾：L.C.L.を弾丸内に内蔵した特殊弾
　L.C.L.は本来通常細胞に異常があった場合それを通常に戻す作用をもつが、化物にとっては細胞を壊死させる効果をもつ
　その正体は吸血鬼化した碇ユイの血液。ゼーレは彼女をクローン化し、効率よく血液を搾取している
　ちなみにLife（生命）・Consumption（消耗）・Liquid（液）の略
エヴァ：L.C.L.弾等NERV特殊弾を撃ち出す特殊銃
命名はゼーレが行った。彼らにとっては確かに「福音をもたらす物」だ
ロンギヌス弾：材料費の高価さと製作工程の困難さから一年間を製作に必要とする特殊弾
　　　効果は化物全般に対しての必殺ともなる肉体の侵食破壊
　　　製作においては温度、気圧、その他複雑な条件が幾つも必要であり、MAGIですらその計算にリソースの８％を使用する
　　　０．０１℃の誤差が命取りとなり、一部でも不完全に結晶化するとその部分から崩壊が始まり全体を使用不可能にする
　　　結局ミサト達は完成品を手にする事無く、試作品をシンジに打ち込むが逆効果となった